Mas um ano depois, os alemães admitem dificuldades em avançar com o projecto e Ulrich Bieger, porta-voz da Ferrostaal, a sociedade do consórcio responsável pelas contrapartidas, reconhece que há outros projectos a ser equacionados. Antes, Godinho de Matos, o advogado dos três arguidos alemães que estão a ser julgados por burla qualificada e falsificação de documentos no âmbito das contrapartidas, referira que o projecto – que implicaria um investimento de 220 milhões de euros – tinha sido abandonado e que o Governo português e a Ferrostaal estavam a negociar a sua substituição. 

A integração da reconversão deste hotel no âmbito das contrapartidas dos submarinos suscitou alguma polémica, já que a transformação do Hotel Alfamar em unidade de luxo era um Projecto de Interesse Nacional, que já vinha do tempo de José Sócrates. O Ministério da Economia contrapunha que o projecto estava em queda iminente e foi recuperado com este acordo.

Em 31 de Dezembro de 2011, pouco antes da extinção da Comissão Permanente de Contrapartidas, a entidade contabilizava 496,7 milhões de euros de projectos validados como contrapartida da compra dos submarinos. Faltavam assim 713 milhões para atingir os 1210 milhões de negócios que os alemães tinham prometido arranjar para as empresas portuguesas, uma parte significativa dos quais seria cumprida com o projecto do Alfamar.