Embora o Tribunal de Contas considere "não estar em causa a qualidade dos serviços prestados" e reconheça a "função social prestada a estratos desfavorecidos da população", sublinha que a clínica deve "observar as normas e boas práticas aplicáveis às entidades públicas e às actividades prosseguidas". Para João Aquino Marques, a Clínica Externa faz parte "da orgânica da Faculdade", não sendo, assim, uma "unidade privada" que requeira licenciamento por parte do regulador da saúde e tem funcionado ao longo dos últimos 10 anos como "extensão do serviço da universidade", opinião partilhada pelo secretário-coordenador, Dário Vilela.

"As instituições procuram meios de financiamento e, na altura, pareceu-nos uma boa ideia abrir a faculdade à população geral. A clínica externa ou integrada é um serviço hospitalar com médicos, depende da faculdade, utiliza as suas instalações e é uma fonte de receitas", explicou Aquino Marques.  Dário Vilela sublinhou que a clínica é responsável por cerca de 20 mil consultas anuais e que o seu fecho irá pôr fim à "única consulta no sector público para adultos com necessidades especiais".

Tendo em conta as restrições adoptadas pelo Governo para as contratações de funcionários por entidades públicas, João Aquino Marques considerou que não tem grandes alternativas a não ser o fecho da clínica, já que não pode fazer contratos de prestação de serviços, nem de avença. "Pedem que sejamos criativos. Não queremos fechar a consulta externa, mas as alternativas legais passam por criar uma clinica privada, com abertura de um concurso às quais as clínicas privadas podem concorrer. Isso não nos interessa, já que queremos seguir a nossa filosofia de ensino", explicou.

De acordo com o responsável, a dotação do Estado para a faculdade ronda os 1,8 milhões de euros anuais e os salários de docentes e não docentes chegam aos 3,8 milhões de euros. "Quando o Tribunal de Contas diz que a clínica não prova que somos auto-suficientes, a prova é que nunca pagámos dos nossos bolsos os salários. E gastamos 400 mil euros em material clínico. Temos de fazer das tripas coração para isto. Cometemos esta ilegalidade que o TC aponta e somos penalizados por isso", retorquiu.

Segundo o mesmo responsável, a clínica externa funciona há cerca de dez anos, dá emprego a 60 pessoas, das quais 42 médicos dentistas, e atende cerca de 20 mil pessoas, sendo responsável por um acréscimo de 50% às 45 mil consultas realizadas pela faculdade.Do valor pago na consulta pelos doentes, 40 % é para os médicos dentistas, 60% para a faculdade.