O plano individual deve ainda assentar na Classificação Internacional da Funcionalidade, uma avaliação que se baseia em indicadores da Organização Mundial da Saúde. Os PSI devem ser elaborados pela equipa de saúde escolar, a quem compete também validar as necessidades especiais (NSE) e encaminhar para os serviços de saúde as crianças ou jovens com problemas.

"Considera-se NSE a que resulta de problema de saúde com impacto na funcionalidade e necessidade de intervenção em meio escolar, como sejam, irregularidade ou necessidade de condições especiais na frequência escolar e impacto negativo no processo de aprendizagem ou no desenvolvimento individual", define a proposta de Programa da DGS.

De acordo com este documento, a referenciação das crianças com perturbações do desenvolvimento, deficiência ou doença crónica pode ser feita pelo centro de saúde ou Hospital, através do médico de família/assistente, do enfermeiro de saúde infantil ou de outro profissional de saúde. Pode ainda ser feita pelos pais e encarregados de educação ou pela própria escola.