O relatório datado de Abril de 2004 - consta de um dos inquéritos judiciais a este negócio, arquivado em Junho - alerta ainda para falhas na negociação do apoio logístico no pós-compra, o que implica que os aparelhos terão um custo mais elevado de manutenção e operação. A Marinha estima que a manutenção dos dois aparelhos vá custar sete milhões de euros por ano.
"Constata-se que o preço dos dois submarinos (712 milhões de euros) não sofreu qualquer alteração em relação ao valor da adjudicação [em 2003], embora, como já se explanou no presente documento, a configuração dos submarinos tenha sido degradada", escreve o capitão-de-mar-e-guerra Rui Rapaz Lérias, o oficial mais antigo no Grupo de Projecto dos Submarinos, que assessorou tecnicamente a Marinha neste dossier. O documento foi elaborado uns dias depois da assinatura do contrato de aquisição dos submarinos pelo então ministro da Defesa, Paulo Portas. E é justificado por Rapaz Lérias com a necessidade de que "fique definitivamente registada a responsabilidade das partes envolvidas no processo de tomada de decisão que se desenrolou nos últimos três meses antes da assinatura do contrato", numa altura em que estava prestes a deixar as funções de director de projecto.
O militar lamenta ainda muitas das opções aceites pelo grupo de apoio ao ministro da Defesa, integrado pelo contra-almirante Cardoso Caravana, que assessorava. Entre estas está a mudança do fornecedor do sistema electrónico de guerra dos submarinos, um equipamento que considera nuclear para o valor militar dos aparelhos, que acabou "entregue a duas empresas sem qualquer experiência na produção de sistemas" como este, o que constitui "um risco tecnológico relevante". O objectivo da alteração era poupar cerca de três milhões de euros, mas o militar considera que neste caso a mudança não se justificava, "tanto mais que o preço dos submarinos propriamente ditos se manteve". Critica também que se tenha aceitado pagar um milhão de euros por alguns "melhoramentos" dos submarinos, considerando que as alterações "foram claramente sobrevalorizadas".
O capitão sublinha que discordou que o grupo de apoio tenha decidido "retirar do âmbito do fornecimento contratual todos os bens relativos ao apoio logístico de terra, designadamente as ferramentas especiais, os sobresselentes de terra para os dois primeiros anos de operação, os equipamentos de medida e teste, o equipamento auxiliar de manutenção e o equipamento oficinal". E critica a forma como foi negociado o apoio logístico pós-compra, o que, realça, "terá implicações nefastas nos custos de sustentação dos submarinos".
Relativamente à formação e treino que o consórcio alemão ficou obrigado a dar, Rapaz Lérias critica o montante cobrado (4,557 milhões de euros), que considera "muito elevado", insistindo que se poderiam ter poupado mais de 300 mil euros. Também enfatiza que o grupo de apoio ao ministro da Defesa Paulo Portas retirou dos serviços a prestar pelos alemães o alojamento dos militares em formação e treino, uma despesa que estima em 1,5 milhões de euros.
