Caso Freeport
Iniciado em 2004, com uma denúncia anónima à Polícia Judiciária de Setúbal sobre um alegado pagamento de “luvas”, o caso Freeport arrastou-se até 2012 sem resultados, apesar dos muitos nomes envolvidos no processo. José Sócrates, que nunca chegou a ser arguido, foi uma das figuras centrais do caso sobre o licenciamento do centro comercial Freeport, em Alcochete. Em 2002, o socialista era ministro do Ambiente no Governo de António Guterres quando se dá a aprovação em tempo recorde do estudo de impacte ambiental ao projecto, ao mesmo tempo que o Governo fez uma alteração dos limites da área da Zona de Protecção Especial (ZPE) do Estuário do Tejo para a preservação das aves selvagens. A área ocupada por uma antiga fábrica de pneus, onde o centro comercial foi depois construído, passou a ficar fora dos limites da ZPE. Três dias depois da aprovação, há eleições legislativas antecipadas e o Partido Socialista sai derrotado. José Sócrates nunca responderá em tribunal a 27 perguntas que dois procuradores quiseram fazer sobre o caso, mas que não foram incluídas no processo em 2010 – na altura, Sócrates era primeiro-ministro.

Licenciatura da Universidade Independente
A conclusão da licenciatura em Engenharia Civil de José Sócrates dada pela Universidade Independente (UI), em 1996, foi outra polémica que envolveu o socialista em 2007, durante o seu primeiro Governo. O diploma do curso tem a data de um domingo de Setembro e as notas de quatro exames finais foram lançadas no mesmo dia de Agosto. O processo de aluno da UI levantou muitas questões na altura. A própria universidade foi fechada no mesmo ano por ordem de José Mariano Gago, ministro da Educação do Governo de Sócrates, depois de uma inspecção arrasar a qualidade pedagógica da instituição. Mas o assunto do processo acompanhou José Sócrates mesmo depois de perder as eleições para a coligação PSD/CDS-PP, no Verão de 2011. No ano seguinte, a Procuradoria-Geral da República rejeitou reabrir o inquérito que arquivara anteriormente sobre a licenciatura.

Casas na Guarda
Em 2010 soube-se ainda que José Sócrates fora projectista e responsável por 26 obras na Guarda entre 1987 e o final de 1990, numa altura em que era deputado em exclusividade pelo PS. Na altura, o então primeiro-ministro explicou que realizou os projectos "a pedido de amigos" e que não recebeu qualquer remuneração. Em 1990 e 1991, a Câmara da Guarda afastou José Sócrates da direcção técnica de obras particulares, depois de ter sido advertido por causa da falta de qualidade dos seus projectos.

Escutas no caso Face Oculta
No caso da Face Oculta, em que Armando Vara, ex-ministro socialista e ex-administrador da Caixa Geral de Depósitos e do Millennium BCP, foi condenado a cinco anos por tráfico de influência, também surgiu o nome de José Sócrates. No âmbito do caso, em que houve condenações de mais dez arguidos, foram interceptadas cinco conversas telefónicas e 26 mensagens de telemóvel entre Vara e o ex-primeiro-ministro destruídas com x-acto, tesoura e máquina trituradora em Setembro último. Estas gravações tinham escapado a uma primeira destruição de comunicações entre Vara e Sócrates em 2010 por serem de índole pessoal, de acordo com o presidente do Supremo Tribunal de Justiça, Noronha de Nascimento.