De acordo com o parecer enviado à Direcção Regional do Ambiente, a construção da central "constitui motivo de preocupação, sobretudo em termos de protecção civil", devido às modificações que irá gerar nos caudais de água.

O documento, citado pela Lusa, aponta também problemas de assoreamento derivados da construção da central e que se verificarão ao longo da linha de água que vai desaguar na freguesia da Ribeira Quente, vizinha da freguesia das Furnas, junto ao mar. O parecer da autarquia refere que, "quer se queira quer não", haverá "importantes variações" no escoamento da água.

A autarquia salvaguarda que a construção da central hídrica na lagoa das Furnas vai gerar a "regressão da linha de costa, pela falta de sedimentos que ficarão retidos" na lagoa e que não chegarão à foz da ribeira, na freguesia da Ribeira Quente.

A EDA, empresa de capitais maioritariamente públicos, está neste momento a desenvolver o estudo prévio e de integração paisagística e o estudo de impacte ambiental da central hídrica reversível, em parceria com a Direcção Regional do Ambiente. Além dos ganhos energéticos, obtidos através do armazenamento, durante a noite, da água a uma cota superior à da lagoa para produzir energia durante o dia, a empresa, considera que a central hídrica reversível vai melhorar em muito a oxigenação da lagoa e permitir a filtração das partículas que estão em suspensão nas suas águas, reduzindo a sua turvação.