A evolução das capturas de peixes de profundidade, onde se enquadram, por exemplo, as abróteas, os gorazes e o peixe-espada preto, foi ainda menos satisfatória, com um grau de execução pouco superior a 50%, para um volume total de 10 mil toneladas que tinham sido autorizadas.

A frota nacional conseguiu, no entanto, capturas mais elevadas na área dos grandes migradores, como o espadarte e o atum, ao conseguir percentagens de execução das quotas atribuídas acima dos 80%, para totais que se aproximavam das 11 mil toneladas.

Já no que toca às áreas internacionais, onde opera essencialmente a frota industrial de barcos mais apetrechados, as quotas disponíveis apontavam para as 25 mil toneladas e Portugal conseguiu capturas que ficaram perto dos 80%. Nesta área, Portugal tem desperdiçado, por exemplo, a possibilidade de colocar navios em zonas com as quais existem acordos de pesca. É o caso, por exemplo, de Cabo Verde onde a possibilidade de colocar sete navios não foi usada no ano passado.

Todos os anos, em Bruxelas, o Conselho Europeu das Pescas procede à repartição das quotas dos totais admissíveis de capturas pelas frotas dos países-membros. Nem todas as espécies entram nesta negociação, que costuma acabar com uma maratona que vai pela madrugada dentro.

A sardinha, por exemplo, não é objecto de quotas, mas a evolução das extracções é alvo de permanente monitorização e quando a estabilidade dos stocks está seriamente ameaçada as autoridades marítimas suspendem a actividade, como aconteceu no ano passado.

Os máximos de captura permitidos são estabelecidos a partir de análises científicas. O boletim  publicado pelo INE contém uma análise dos níveis de biomassa que mostra, por exemplo, que os níveis da sardinha estão nas 188 mil toneladas, praticamente metade do que era observado em 2008. A sarda, pelo contrário, viu a massa desovante crescer, no mesmo período, cerca de 50%, o mesmo acontecendo com o carapau.