A Rede Ferroviária Nacional (Refer) entregou ao Governo o seu Programa Operacional para o Período 2001 - 2006 que define como prioridade a modernização dos caminhos de ferro e avança com um mapa das "possíveis novas articulações da rede". Por definir estão ainda os investimentos a realizar.

O documento consagra a Ota como um nó intermodal por onde será desviada a linha do Norte, bem como uma ligação daí à linha do Oeste perto do Bombarral. Para fechar este "arco do Oeste" o mapa prevê uma linha de Leiria para Caxarias e Pombal. Esta última já foi assumida pelo Secretário de Estado dos Transportes, Rui Cunha (ver PÚBLICO de 21/11/01). Servir Viseu pelo caminho de ferro é, segundo a Refer, outra das "decisões estratégicas a tomar no curto/médio prazo" se se quiser que aquela capital de distrito fique ligada à rede ferroviária nacional. A solução apresentada passa pela construção de uma ramal entre a cidade e a linha da Beira Alta perto de Nelas.
Fechar a malha entre Braga e Guimarães é também outra das hipóteses a considerar no futuro, tendo em conta a elevada densidade populacional existente em torno das duas cidades. O Programa Operacional faz ainda alusão aos corredores Porto - Vila Real e aos concelhos de Viseu, Leiria, Torres Vedras e Évora como "pólos geradores e/ou atractores de tráfego".
O mapa proposto considera também a terceira travessia do Tejo, embora, tal como nas restantes linhas, nada diga quanto à sua prioridade nem calendarização. A excepção é a construção de uma ligação Évora - Elvas - Caia que aparece no capítulo dos "Grandes Projectos em Curso" como uma intervenção prevista até 2006, a par da modernização das linhas do Norte, do Sul e da Beira Baixa (estas já em curso).
A linha Évora - Elvas será a primeira fase de um eixo destinado
essencialmente a mercadorias e que pretende aproximar Sines da fronteira espanhola e que implicará também a construção de uma nova ligação daquele porto a Casa Branca, onde entroncará na actual linha para Évora.
Embora o presidente da Refer, Cardoso dos Reis, em declarações ao PÚBLICO, tenha dito que este documento é anterior às decisões que neste momento estão a ser tomadas sobre a alta velocidade, a prioridade dada a esta linha indicia que o Governo não deverá considerar o transporte de mercadorias em alta velocidade como chegou a ser proposto. Por outro lado, a sua utilização também para tráfego de passageiros permitirá pôr Badajoz a 1 hora e 50 minutos de Lisboa (e Évora a 1 hora e 20 minutos) o que retira interesse a uma eventual linha de alta velocidade para Madrid através de Badajoz que, desta forma, fica bem servida pela rede clássica.
Esta solução enquadra-se numa estratégia de "articulação entre a rede convencional e a rede de alta velocidade" que o documento refere e que encontra sintonia no discurso oficial do Governo sobre esta matéria.

Até 2006 as prioridades da Refer serão, contudo, a modernização das linhas existentes, com destaque para a linha do Norte, áreas metropolitanas de Lisboa e Porto, linha da Beira Baixa e projecto de ligação Lisboa - Algarve, que inclui o "fecho da malha" entre Coina e Pinhal Novo para que comboios directos possam circular de Entrecampos e Faro. Nesta última, a empresa prevê que a ligação entre Lisboa e Faro possa demorar 2 horas e 40 minutos com comboios pendulares e 3 horas e 10 minutos com material do tipo convencional. No rol dos esquecidos estão as linhas do Douro, do Oeste, do Leste, do

Alentejo e parte da linha do Algarve, que a Refer considera como "linhas e/ou itinerários a estudar". Até 2006 nada está previsto para a modernização destas linhas que vão continuar com sistemas de exploração obsoletos e baixas velocidades permitidas. O documento releva à linha do Oeste (Lisboa - Caldas da Rainha - Leiria - Figueira da Foz) um carácter meramente regional e inter-regional, nada acrescenta sobre o futuro da linha do Douro entre Régua e Pocinho e faz depender o futuro do linha do Leste e ramal de Cáceres das "decisões que vierem a ser tomadas no âmbito de novas linhas de ligação a Espanha". No Alentejo é considerada a hipótese de uma "possível ligação ao aeroporto de Beja no sector das mercadorias" e o litoral Algarvio fica pendente de "decisões quanto ao desempenho desta linha, quer numa perspectiva local e regional, quer numa perspectiva nacional, ou ainda numa lógica de ligação à Andaluzia".
Em rara sintonia com a CP, a Refer também propõe que algumas linhas e ramais sejam desligados da rede ferroviária nacional e reconvertidos em sistemas ligeiros "integrados em soluções locais ou regionais". É o caso das linhas de via estreita de Trás-Os-Montes, o ramal da Lousã (sobre o qual já há decisão de fazer o Metro Mondego), o ramal Figueira da Foz - Cantanhede - Coimbra e os ramais alentejanos.