Num comunicado divulgado pela Presidência da República, Cavaco Silva indica que apesar de promulgar o documento, considera que "o regime aprovado padece de graves deficiências de natureza técnico-jurídica". Quando vetou o diploma, a 6 de Janeiro, o Presidente da República justificou a sua decisão precisamente com a existência de “graves insuficiências de natureza técnico-jurídica” no decreto da Assembleia da República.

Depois do veto presidencial, o diploma foi reconfirmado pela Assembleia da República a 17 de Fevereiro, novamente com os votos favoráveis da esquerda parlamentar, de sete deputados da bancada do PSD e a abstenção de outros dez parlamentares sociais-democratas.

Entre as falhas agora apontadas pelo chefe de Estado, destaca-se que o diploma "não acautela devidamente os direitos das pessoas que possuam perturbação da identidade de género na medida em que as expõe ao erro de diagnóstico – por não prever os respectivos critérios – e ao incumprimento de normas básicas de natureza ética e deontológica – por não garantir o controlo mínimo das qualificações profissionais de quem emite o relatório clínico".

Cavaco Silva nota ainda que o regime agora aprovado “não encontra paralelo em qualquer país do mundo”, existindo em outras ordens jurídicas, como em Espanha ou no Reino Unido, “regimes equilibrados que, acautelando a celeridade do procedimento, asseguram a necessária protecção dos direitos das pessoas com perturbação de identidade de género e da segurança e certeza jurídicas associadas ao sistema público de registo”.