A única acusação proferida respeita à alegada tentativa de extorsão praticada por Manuel Pedro e Charles Smith, donos da consultora Smith & Pedro (S&P) junto do grupo Freeport, e tem por base sucessivos pedidos de dinheiro que aqueles fizeram para pagar subornos e que não terão sido satisfeitos. Outra coisa são os pagamentos feitos à S&P e a vários arguidos pelo grupo Freeport e outras empresas ligadas ao projecto, cujo destino final não foi esclarecido e que poderiam estar relacionados com pagamentos ilegais a que há abundantes referências em documentos e testemunhos constantes dos autos.

No primeiro caso destacam-se os pedidos transmitidos por Smith a responsáveis do Freeport, em Setembro de 2001, para, ao que afirmava, pagar ao PS 3.000.000 (sem referir a moeda de que falava) e 300.000 a cada um dos outros partidos concorrentes às autárquicas de 2001 em Alcochete (CDU, PSD e CDS). Três meses depois terá pedido também dois milhões de libras (perto de 2,4 milhões de euros) para conseguir a aprovação ambiental do projecto. Já antes, em Abril de 2000, terá pedido 22 mil contos (110 mil euros) para pagar ao lobby. E mais tarde, em Maio de 2002, foi a vez de pedir 80 mil libras para entregar a alguém referido como "Pinóquio", através de um tal "Bernardo". vindo logo no mês seguinte a solicitar mais 50 mil. De acordo com as perícias financeiras, não foi encontrada prova de que o essencial destes pedidos tenha sido satisfeito, razão pela qual a acusação de extorsão se limita à "forma tentada".

Já no que respeita aos fluxos financeiros de que foram encontradas provas nas contas bancárias no período de 2000 a 2005 e em relação aos quais o despacho diz que se mantêm "dúvidas" quanto ao seu destino, avultam os cerca de 1,8 milhões de euros que o grupo Freeport transferiu para as contas da S&P. O mesmo acontece com 945 mil euros que saíram desta empresa para as contas de Smith e com os 936 mil que seguiram para as de Manuel Pedro. Sem finalidade conhecida há também metade dos 1,5 milhões que o consórcio Somague/Edifer (que fez a obra do Freeport) pagou à S&P e ainda 473 mil que foram levantados em numerário das contas da S&P. Dúvidas persistem igualmente quanto a 181 mil euros em numerário e a uma transferência de 247 mil euros (em libras inglesas) que entraram nas contas de Smith, e a 209 mil em numerário depositados em nome de Manuel Pedro, além de uma transferência de 120 mil euros de Smith para Pedro.

Por conhecer, entre outras verbas menores, ficou também a origem e o destino de parte dos sete milhões de euros que foram transferidos para o arquitecto Eduardo Capinha Lopes (que assumiu o controlo do projecto do Freeport no final de 2001), a partir de contas sedeadas em paraísos fiscais e com titulares não identificados. Pouco claras mostraram-se ainda, pelo menos em parte, os depósitos em numerário de 150 mil euros e de 111 mil euros feitos, respectivamente, em nome de Carlos Guerra (ex-presidente do Instituto da Conservação da Natureza) e de José Inocêncio (ex-presidente socialista da Câmara de Alcochete), ambos com intervenção determinante em diferentes fases do licenciamento do Freeport.

Na impossibilidade de apurar o destino efectivo destes valores, não restava ao Ministério Público outra hipótese que não fosse a de arquivar o processo no tocante a eventuais práticas de corrupção e outros crimes económicos.

Mas, como as perícias urbanística e ambiental efectuadas no final de 2007 e em 2008 concluíram que o licenciamento do Freeport não envolve a prática de actos ilícitos, mesmo que se encontrassem eventuais corruptos, o crime já estaria prescrito desde Março de 2007. Isto porque os crimes para a prática de actos lícitos prescrevem ao fim de cinco anos.Nas contas de Carlos Guerra foram depositados 150 mil euros em numerário. Explicou que era de uma partilha