Entre Junho e Julho de 2009, o Departamento Central de Investigação e Acção penal (DCIAP), coordenado por Cândida Almeida, fez vários pedidos de informação ao ex-ministro da Defesa, Severiano Teixeira, sobre a compra dos submarinos. Um desses pedidos, que consta do processo das contrapartidas, referia-se a documentos relativos às negociações com o consórcio bancário que financia a compra dos submersíveis ao German Submarine Consortium (GSC), o BES/Crédit Suisse First Boston. Outro pedido anterior reportava-se a comprovativos de pagamento de prestações dos submarinos. Para ambos a resposta foi a mesma: os documentos requeridos não se encontram nos arquivos do ministério, uma situação que se tornou recorrente no processo.

O DCIAP queria sobretudo perceber como foi autorizado ao consórcio ganhador, já depois da adjudicação, o aumento de 1,9 para 2,5 por cento da margem de lucro (spread). Pediu documentos que iam desde a fase de selecção dos bancos até à autorização do ministro. O DCIAP quis aceder às cartas-convite ao Crédit Suisse First Boston, ao Banco Espírito Santo e ao Deutsche Bank para o financiamento da compra dos submarinos e também aos elementos sobre a negociação das propostas. Pediu ainda as actas das sessões de trabalho realizadas em Londres, referentes às negociações entre o fornecedor de submarinos, o GSC, e cada um dos concorrentes, que terão decorrido na presença de membros da secretaria-geral do Ministério da Defesa.

Os documentos com as reservas colocadas pelo consórcio bancário vencedor e a decisão do ministério de permitir ao consórcio para rever a sua proposta e correspondente decisão foram também pedidos.

O gabinete de Severiano Teixeira remeteu o pedido para a Direcção-Geral de Armamento e Equipamentos de Defesa e, no mesmo dia, a 28 de Julho, o vice-almirante Carlos Viegas Filipe, director-geral, respondeu: "Não se encontra nesta direcção-geral qualquer elemento que permita dar resposta ao requerido." Cerca de um mês antes, ocorrera uma situação semelhante. O DCIAP tentara obter os comprovativos de pagamento de prestações dos submarinos, sem sucesso.

Todos os pagamentos feitos até agora ao GSC foram assumidos pelos bancos. O ministério assegura que só irá pagar ao consórcio após a assinatura do protocolo de aceitação relativo à recepção do último desses bens. O ministro Augusto Santos Silva admitiu que o último dos dois aparelhos deverá chegar no início de 2011, gozando no ano seguinte de um período de aceitação provisória, após o que será aceite ao serviço militar, no início de 2012.

A operação montada para financiar este programa designa-se por "swap sintético", da qual fazem parte dois contratos, um entre o fornecedor e o consórcio bancário, e outro entre o Estado e o mesmo consórcio. "Da conjugação destes contratos o Estado não se obriga, até à data de entrega dos bens, a proceder a qualquer pagamento, o qual só acontecerá nas condições acordadas no contrato de aquisição", garantiu o ministério ao PÚBLICO.

Estes não são os únicos documentos a desaparecer no processo dos submarinos. Um responsável da Comissão Permanente de Contrapartidas disse em tribunal que documentos relativos ao programa de contrapartidas dos submarinos desapareceram da comissão. O Ministério Público já empreendeu também buscas a gabinetes de advogados, nomeadamente à sociedade Sérvulo Correia, que assessorou a Defesa na negociação da compra dos submarinos. O MP esteve também na Uría Menendez, a sociedade para onde se mudou Bernardo Ayala, um dos principais consultores do Estado neste negócio, que na altura trabalhava no escritório de Sérvulo Correia. Os advogados têm invocado sigilo profissional para impedir a entrega dos documentos. A questão está em apreciação nos tribunais superiores.