O cenário repetir-se-á nas artérias do Porto. Nas duas cidades serão encerradas provisoriamente alguns trechos das linhas do metropolitano e até para estacionar veículos em parques subterrâneos será necessário passar por medidas excepcionais de segurança.

A Praça do Aeroporto, as Avenida Gago Coutinho e dos EUA, Entrecampos, Avenida da República, Praça de Saladanha, Avenida Fontes Pereira de Melo, Rua Latino Coelho e Avenida Luís Bívar, em Lisboa, serão percorridas a uma velocidade de 30 quilómetros/hora, mas só pelas viaturas do Papa e seus acompanhantes. Para a população em geral o trânsito estará fechado nos dois sentidos entre as 10h15 e as 12h15. À passagem do Papa irão encerrar momentaneamente alguns trechos do metropolitano. No primeiro dia da visita, a linha azul do metropolitano lisboeta não terá qualquer c irculação, até às 21h30, entre as estações Baixa/Chiado e Santa Apolónia.

Na Praça do Comércio, onde se aguardam 100 mil pessoas, estarão instalados ecrãs gigantes, assim como na estação fluvial do Terreiro do Paço e na Praça do Município. Para prevenir problemas resultantes de eventuais desaparecimentos de pessoas, sobretudo idosos e crianças, a PSP terá uma equipa a trabalhar em permanência, a qual encaminhará as pessoas até ao Hospital Egas Moniz.

Para o Porto, as medidas de segurança nas rodovias são idênticas às de Lisboa. Serão cerca de 99 as câmaras de videovigilância que acompanharão Bento XVI através da Rua Rodrigo de Freitas, Avenida D. João II, Ponte do Infante, Rua Alexandre Herculano, Rua Duque de Loulé, Rua Saraiva de Carvalho, Avenida D. Afonso Henriques, Praça Almeida Garrett, Praça da Liberdade e Avenida dos Aliados.

À passagem do Papa o metropolitano poderá encerrar por alguns momentos. Garantido é o condicionamento na Avenida dos Aliados, entre as 2h as 17h do dia 14, e na Estação de São Bento, entre as 8h e as 10h do mesmo dia. O funicular estará totalmente parado entre as 8h e as 10h. Na Trindade existirá um serviço especial da PSP para atendimento de pessoas que procurem familiares ou amigos desaparecidos.

O Instituto Nacional de Aviação Civil já garantiu a interdição do espaço aéreo entre Lisboa e Porto.