Foi por discordar das novas regras de nomeação do representante nacional na Eurojust que o Conselho Superior do Ministério Público tinha vetado a ida de Cluny para o Eurojust, depois de os seus poderes na matéria terem sido reduzidos à mera verificação de eventuais impedimentos legais do nomeado para o exercício do cargo. Na mais recente votação, Cluny teve 11 votos a favor, cinco contra e duas abstenções. Embora satisfeito, o magistrado continua a querer saber que impedimentos lhe foram encontrados da primeira vez para ver chumbado o seu nome, uma vez que isso nunca foi divulgado.