Christoph Krakty, o investigador austríaco que liderou o painel, explicou que a autonomia “é a coisa mais importante para a FCT”: “Muitos dos problemas actuais têm a ver com esta [falta de] autonomia.” Além da desconfiança da comunidade científica em relação à FCT, a falta de autonomia administrativa e financeira é apontada como uma das dificuldades para a calendarização dos concursos da FCT. Actualmente, uma das maiores queixas dos cientistas é o atraso da abertura dos concursos e da publicação dos resultados.

“Isso naturalmente é uma boa ideia, se for exequível”, considera Luís Magalhães, primeiro presidente da FCT, entre 1997 e 2002, e matemático do Instituto Superior Técnico, referindo-se à autonomia. “É transformar a FCT numa agência pública independente da administração central do Estado. Na prática, é a FCT não ficar sujeita às regras de organização e restrição de pessoal e de gestão de financiamento.”

Entre as recomendações deixadas pelo painel à FCT está ainda a criação da figura do secretário-geral, que seria o responsável administrativo, e uma maior ligação dos conselhos científicos à estrutura dirigente da fundação.