Na capital portuguesa, a espionagem acontecia através do Centro de Informações do Exterior (Ciex), tutelado pelo Ministério das Relações Exteriores. A comissão informou ter conseguido reunir elementos documentais ou testemunhais de que o Ciex teve bases em Lisboa, Paris, Genebra, Praga, Moscovo, Varsóvia, Berlim Oriental, Santiago, Montevideu, Buenos Aires e Assunção.

Há também "fortes indícios" de que o sistema de espionagem no exterior funcionasse também em La Paz, Lima, Caracas e Londres. Os principais focos do Ciex eram os países do Cone Sul da América Latina, onde se concentravam mais exilados brasileiros.

A Comissão da Verdade conclui também, com base no depoimento de um embaixador, que o Ciex chegou a Lisboa em 1974, logo após a queda da ditadura portuguesa, e que "deveria recorrer a informantes pagos para acompanhar as actividades políticas dos exilados".

O embaixador citado "não mediu palavras para desqualificar o Ciex - que, a seu ver, fazia o 'trabalho sujo' de polícia política, nada tendo de um verdadeiro órgão de informação", informa o relatório final da comissão.

O documento afirma ainda que logo após o 25 de Abril foram enviadas para a Embaixada do Brasil em Lisboa orientações sobre como actuar perante a tentativa de brasileiros "ligados à subversão" se estabelecerem em Portugal.

Recomendava-se à embaixada que enviasse mensalmente para Brasília os nomes, a identificação e outros dados sobre os brasileiros que tivessem entrado no país após revolução e que contactassem com os postos consulares pela primeira vez. Pedia-se ainda informações sobre outros brasileiros cuja chegada a Portugal fosse possível apurar por outras fontes, como a imprensa ou contactos de terceiros.

Os dados reunidos Ciex em Lisboa incluíram informações sobre a passagem do ex-Presidente brasileiro João Goulart (derrubado pelo golpe militar em 1964) pela cidade, em Outubro 1976, e especulações sobre um possível encontro com o então primeiro-ministro Mário Soares.