Em Portugal conhecem-se 27 espécies, representando 40% da fauna de mamíferos terrestres do país.

Os morcegos que existem em Portugal são essencialmente insetívoros, comendo borboletas noturnas, escaravelhos, grilos, mosquitos e outros pequenos insetos voadores. Algumas espécies de morcegos comem metade do seu próprio peso em insetos numa só noite, conferindo-lhe um papel fundamental no equilíbrio dos ecossistemas, como controladores de pragas agrícolas e florestais.

Ameaças
Os morcegos são de uma importância vital para o nosso ambiente e bem-estar, ajudando a manter a biodiversidade e o funcionamento dos ecossistemas. No entanto, mais de um quinto de todas as espécies de morcegos encontra-se ameaçada.

Em Portugal, nove espécies possuem um estatuto de ameaça de acordo com o Livro Vermelho dos Vertebrados de Portugal.

Considera-se que as principais ameaças para os morcegos resultam de atividades humanas que destroem ou alteram os habitats. A perturbação de abrigos, especialmente durante as épocas de hibernação e maternidade, o uso excessivo de pesticidas e a perseguição deliberada são exemplos. No entanto, existem outras ameaças de importância crescente, como a mortalidade causada por atropelamentos e colisões com aerogeradores.

Conservação
O Instituto da Conservação da Natureza e das Florestas, em colaboração com outras entidades públicas e privadas, tem vindo a realizar várias ações de conservação e valorização das diferentes espécies de morcegos existentes em Portugal:
 

• Esclarecimento da população sobre a importância dos morcegos;
• Estudo da seleção dos habitats de alimentação;
• Avaliação dos recursos alimentares; 
• Monitorização dos abrigos de criação e de hibernação; 
• Proteção dos abrigos com vedações; 
• Estudos sobre caixas-abrigo para morcegos.

Em Portugal, a maioria dos abrigos subterrâneos de morcegos está incluída na Rede Natura 2000 – uma malha de habitats a proteger a nível europeu. Os morcegos e os seus abrigos são ainda protegidos por acordos internacionais, como a Convenção de Berna para a conservação de espécies selvagens e habitats naturais europeus, a Convenção de Bona sobre espécies migratórias e a Directiva Habitats, da União Europeia.

No âmbito da Convenção de Bona, levou à criação do Acordo sobre a Conservação de Populações de Morcegos Europeus (EUROBATS), em vigor desde 1994.

Mais informações sobre os morcegos aqui.