"Os senhores deixaram o país de tanga", proclamou o então recém-eleito primeiro-ministro, Durão Barroso, a 17 de Abril de 2002, para o líder do PS, Ferro Rodrigues, no debate parlamentar em que tornou explícito que a herança recebida dos governos de António Guterres tinha sido as contas públicas a derrapar e, por isso, não podia cumprir a promessa de baixar os impostos. O seu curto Governo em aliança entre o PSD e o CDS nunca controlaria o descalabro financeiro que apontou no início.

O seu mandato de primeiro-ministro ficaria assinalado pelo protagonismo internacional adquirido como anfitrião da Cimeira das Lajes (16/03/2003), onde recebeu George W. Bush, Tony Blair e José Maria Aznar, quatro dias antes da invasão do Iraque de Saddam Hussein. A 29 de Junho 2004 anuncia o abandono do Governo para rumar a um mandato de dez anos como presidente da Comissão Europeia (2004-2014). Fez questão de impor, sem legislativas, a sua sucessão ao Presidente, Jorge Sampaio, e deixou o país entregue a Pedro Santana Lopes.