Vencedor do prémio Composição da UNESCO em 1999 e do Prémio Pessoa em 2000, era uma das mais relevantes figuras da música contemporânea europeia, tendo dividido a sua vida entre Lisboa e Paris. Autor de uma vasta obra – que se divide entre ópera, coros e composições para diferentes instrumentos –, recebeu, em 1971, o Prémio de Estética Musical do Conservatório de Música de Paris, cidade onde passou a viver a partir de 1964, quando se exilou por oposição ao Estado Novo.

Nunes começou por estudar harmonia e contraponto na Academia de Amadores de Música de Lisboa, e depois Filologia Germânica na Universidade de Lisboa. Os seus estudos em composição foram feitos sob orientação de Fernando Lopes-Graça mas, em 1964, exilou-se em Paris por oposição ao regime: "Não havia mais nada que alguém me pudesse ensinar. E por isso saí do meu país. O meu estatuto político também me deixava inseguro e por isso passaram vários anos até regressar", disse em entrevista.

Nunes nunca deixou, ao longo de todo o seu trabalho, de perseguir novos modos de compor. Quando, numa entrevista, lhe perguntaram o que era mais importante, Nunes respondeu: "Para mim é mais importante saber o que não quero, do que saber o que quero". Em 1970 o compositor começou a introduzir música electrónica no seu trabalho. António Jorge Pacheco, director artístico da Casa da Música, dizia numa entrevista publicada no programa do Huddersfield Contemporary Music Festival que "o papel da electrónica havia sido criticado como sendo superficial noutros compositores", mas que na obra de Nunes, "a sua integração é evidente e necessária para a [construção] da imagem sonora".

Grande parte da sua obra tem sido objecto de atenção pelo Remix Ensemble, da Casa da Música.

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