Foi também presidente da Comissão Política Distrital de Lisboa e liderou ainda a associação de autarcas sociais-democratas.

Pela mão de Durão Barroso chegou ao Governo como ministro das Cidades, Ordenamento do Território e Ambiente, uma pasta criada à sua imagem e de acordo com a auréola de presidente de câmara activo e empreendedor.

Parecia ser o auge, mas o cargo governamental acabaria por se revelar como o início de um rápido percurso descendente dentro do partido. Com pouco mais de um ano como ministro, surgem as primeiras notícias sobre contas na Suíça e na Bélgica, com verbas de proveniência duvidosa e não declaradas às autoridades portuguesas.

As autoridades judiciárias iniciam as investigações, Isaltino é forçado a demitir-se e promete afastar-se da política até que tudo esteja esclarecido.

Não foi, no entanto assim. A Câmara de Oeiras, onde fora presidente desde 1986, continuava a ser o apelo mais forte. Apesar de não ter retomado o cargo, começa a construir a sua recandidatura, posteriormente vetada por Marques Mendes, por questões de ética política. Desfiliou-se do PSD e avançou como independente, tendo vencido confortavelmente Teresa Zambujo, a candidata oficial do partido.

O seu papel como autarca foi sempre muito elogiado e reconhecido.

Oeiras deixou de ser um subúrbio de Lisboa, competindo em atractividade com Cascais e Sintra. Os mais próximos reconhecem-lhe a capacidade empreendedora e de se fazer sempre rodear dos mais capazes, independentemente da sua cor política.

O ambiente de consenso que gerou em redor da sua gestão autárquica fá-lo pensar que nada tem limites, tudo é possível. Foi esta atitude que exibiu ao longo do julgamento, durante o qual reconheceu que o seu maior erro terá sido o facto de ter confiado em pessoas que não devia.