Após as intervenções do presidente em exercício da UE, José Sócrates, do presidente da Comissão Europeia, Durão Barroso, e do Presidente do Parlamento Europeu, Hans Gert-Pottering, seguiu-se a assinatura propriamente dita do Tratado de Lisboa por todos os 27 chefes de Estado ou de Governo e pelos respectivos ministros dos Negócios Estrangeiros, que começou às 12h25.

Ao som de uma música do compositor português Rodrigo Leão, as 27 delegações foram chamadas uma a uma, por ordem alfabética, para a assinatura do tratado, tendo Portugal sido o 21º país a firmar o documento, às 12h45.

Imediatamente depois do fim da assinatura do tratado, Dulce Pontes encerrou a cerimónia com a interpretação de duas das suas músicas, entre elas a conhecida "Canção do Mar".

Após a assinatura, os dirigentes europeus seguiram para o Museu dos Coches, a bordo de um eléctrico pintado com as cores da presidência portuguesa. O almoço será oferecido pelo Presidente da República, Cavaco Silva, esperando-se ainda a chegada do primeiro-ministro britânico, Gordon Brown, que só esta tarde irá assinar o Tratado de Lisboa.

A assinatura do novo tratado europeu promete pôr fim à grave crise política e institucional provocada pelo fracasso da Constituição Europeia, rejeitada em França e na Holanda, e constitui o grande sucesso da actual presidência portuguesa da UE, que termina no fim do mês e ficará na história do processo de integração europeia.

Com esta assinatura inicia-se o obrigatório processo de ratificação/confirmação do documento em todos os Estados-membros, sem excepção, por via parlamentar ou em referendos, condição prévia à sua entrada em vigor. A maioria dos países já anunciou que o tratado será ratificado pelos respectivos Parlamentos, mas a consulta popular irá acontecer pelo menos na Irlanda, por imperativo Constitucional.

Os dirigentes da União fixaram como objectivo a entrada em vigor do Tratado de Lisboa a 1 de Janeiro de 2009, antes das próximas eleições europeias de Junho do mesmo ano.