No ano seguinte, foi contratado pelo Bayer Leverkusen, onde cedo se consolidou como grande patrão do meio-campo. Nessa temporada (1999/2000), ficaria ligado a um momento trágico do clube, ao fazer um autogolo na última jornada, num jogo que terminou com a vitória do Unterhaching (2-0) e afastou o Leverkusen do título. Seja como for, Ballack, agora jogador do Bayern de Munique, tem sido um jogador-chave na "Mannschaft" de Rudi Völler.

Ballack ficará para sempre marcado como a grande figura do jogo que permitiu à Alemanha chegar à final do Mundial 2002. Foi o patrão do meio-campo alemão, um verdadeiro "kaiser", marcou o único golo da vitória sobre a Coreia do Sul e sacrificou-se em nome da equipa ao cometer uma falta "kamikaze" que lhe valeu um cartão amarelo que o deixa de fora da final.

O heroísmo da exibição de Ballack foi plenamente reconhecido pelo seleccionador alemão, Rudi Völler. "Mesmo sabendo que, com outro cartão amarelo, ele iria falhar a final, cometeu aquela falta táctica que era absolutamente necessária, colocando-se ao serviço da equipa e toda a Alemanha, o país inteiro, irá aplaudi-lo de pé", afirmou o técnico, lamentando a ausência do médio no último jogo. "É uma grande pena que ele vá perder a final. Foi um dos nossos melhores jogadores hoje", confessou Völler. Ballack voltava a ser decisivo, depois de ter marcado também o golo que valeu a eliminação dos Estados Unidos nos quartos-de-final.