O acordo sobre descentralização estabelecido entre o Governo e o PSD prevê que prossigam as conversações e negociações para levar esta reforma ao nível da “organização subnacional do Estado” ou seja, a um patamar superior aos dos municípios e que envolve Comissão de Coordenação e Desenvolvimento Regional as Comunidades Intermunicipais, ou seja, a um nível superior dos municípios.

Para conduzir esse processo será criada “uma Comissão Independente para a Descentralização, com mandato até Julho de 2019, composta por seis personalidades de reconhecida competência e mérito científico, designadas pela Assembleia da República, tal como o seu coordenador, que estabelece e acompanha as linhas orientadoras da reforma”. É a esta Comissão Independente que caberá preparar “anteprojetos de diplomas que serão referencial para iniciativas legislativas subsequentes”, que ficarão - pela natureza do calendário político, para depois das legislativas que se realizam poucos meses depois.

Para chegar a esse resultado no final da legislatura, o acordo diz que deverão promover-se estudos aprofundados a executar por Universidades com reconhecidas competências académicas na investigação sobre as políticas públicas e a organização e funções do Estado, aos níveis regional, metropolitano e intermunicipal, sobre a forma de organização subnacional do Estado”.

Estes estudos devem englobar a “determinação dos níveis de descentralização, a partir de análise comparativa de modelos em países da União Europeia e da OCDE”, delimitar as “competências próprias dos níveis subnacionais, avaliando os recursos e meios próprios a transferir”, identificar “vantagens comparativas”, elaborar o “cronograma de execução referencial”, definir “um programa de desconcentração da localização de entidades e serviços públicos, assegurando coerência na presença do Estado no território”. E também assegurar “um programa de auscultação e debates públicos com entidades regionais, em particular as Áreas Metropolitanas, as Comunidades Intermunicipais e as Comissões de Coordenação e Desenvolvimento Regional”.

A primeira fase de descentralização, agora acordada, envolve aprovar a respectiva legislação no Parlamento até ao fim da sessão legislativa.

A transferência será feita de acordo com “o princípio do gradualismo para que todas as autarquias locais assumam as novas competências até 2021”. Será inscrito “nos Orçamentos do Estado dos anos de 2019, 2020 e 2021, o montante do Fundo de Financiamento da Descentralização que incorpora os valores a transferir para as autarquias locais que financiam as novas competências”. Continuam em vigor “os contratos interadministrativos de delegação de competências celebrados” até agora.

A “transferência de competências deve ser acompanhada por uma comissão que tenha representantes da Associação Nacional de Municípios Portugueses, da Associação Nacional de Freguesias, do Governo e do Parlamento", a qual "avaliará a adequabilidade dos recursos financeiros de cada área de competências”.

No que se refere à lei das finanças locais, “a partir de 2019, as transferências do Orçamento do Estado para os municípios garantem uma redução anual, no mínimo de 25%, do diferencial entre a aplicação da lei das finanças locais e o verificado no OE 2018, de modo a garantir a plena aplicação” da lei até 2021. Mesmo assim, com uma cláusula de salvaguarda: se Portugal não estiver a cumprir o "objectivo de médio prazo" a que se propõe com a UE, as regras definidas ficarão suspensas. 

O financiamento das autarquias favorecerá “a devida coesão territorial e social de maneira a não haver municípios penalizados em razão da desertificação populacional”. Este princípio de “solidariedade e coesão” implica que existam “mecanismos correctivos na “participação dos municípios na receita do IVA” e na “receita decorrente do fim da aplicação da isenção do IMI aos imóveis do Estado” - uma reclamação dos autarcas que foi atendida. Em 2021 “deve ser consolidado o Regime de Atribuições e Competências e o respectivo Regime Financeiro”.