Nascido no Porto foi para Moçambique em criança. Simpatizante da Frelimo (Frente de Libertação de Moçambique), de que viria a afastar-se nos primeiros anos da independência, dirigiu o jornal moçambicano A Tribuna – onde tinha trabalhado antes do 25 de Abril, antes de uma primeira série da publicação ter sido suspensa.  Foi director nacional de Informação, com o primeiro Presidente do país, Samora Machel, e director fundador da agência noticiosa nacional, a AIM.

Em Portugal, para onde partiu em 1977, trabalhou no Diário de Notícias. Em 1978, a convite de Carlos Pinto Coelho, foi para a televisão pública. Integrou a equipa que lançou o Informação 2, um noticiário apresentado por António Mega Ferreira e José Júdice, encerrado pelo Governo da Aliança Democrática, no início dos anos 1980.

Foi ainda correspondente da RTP em Cabo Verde e Moçambique. O seu último trabalho jornalístico foi uma colaboração com Joaquim Furtado para a série A Guerra.

Em Moçambique, na fase de transição para a independência, protagonizou um invulgar episódio – foi expulso do território pelo Movimento das Forças Armadas (MFA), devido a um editorial publicado n’ A Tribuna. Anos depois, as divergências com a orientação seguida pelo partido único ditaram também o seu afastamento.

O corpo de Fernando Magalhães, que esteve hospitalizado nas últimas semanas, está este sábado, a partir das 17h, na Capela de Nossa Senhora do Cabo, em Linda-a-Velha, segundo informação de amigos.  O funeral é no domingo às 13h30, no cemitério de Carnaxide