Foi eleito secretário-geral a 22 de Novembro de 2014, no dia a seguir a José Sócrates ser detido, e desde o primeiro dia da sua liderança foi repetindo a expressão “à Justiça o que é da Justiça”. Quase nove anos depois, António Costa demite-se de primeiro-ministro, precisamente por ser o primeiro chefe de governo em funções que é criminalmente investigado. Justificou a decisão argumentando que em seu entender “o cargo de primeiro-ministro não é compatível com qualquer suspeição sobre a sua integridade, a sua boa conduta e menos ainda com a suspeita de prática de qualquer acto criminal”. Mas continuou a garantir: “Confio totalmente na Justiça e no seu funcionamento.”