Foi um dos fundadores da Greenpeace, mas afastou-se porque a associação protestava mais do que agia, diz, e acabou por fundar a Sea Shepherd Conservation Society, cujo símbolo, a lembrar uma bandeira pirata, e os barcos pintados como ferozes criaturas marinhas, percorrem hoje os mares em busca de pescadores ilegais. A sua acção, que descreve como agressiva não violenta, torna-o alvo de críticas mas ele diz que não se importa, até porque, sustenta, não trabalha para as pessoas, mas para as baleias e as outras criaturas marinhas.​ Paul Watson foi um dos oradores à distância de Water World Forum for Life, na semana passada em Reguengos de Monsaraz, onde falou sobre o impacto das alterações climáticas na vida marinha.