A Fundação para a Ciência e Tecnologia (FCT) é a instituição na área da ciência que necessita de maiores reformas, de acordo com o relatório da OCDE. Os peritos defendem a sua transformação numa fundação pública de direito privado, para contrariar a excessiva “burocratização”, e uma maior separação entre a definição da política científica e o financiamento da investigação.

Uma das alterações propostas passa por entregar às universidades parte dos recursos destinados a financiar a investigação, em particular as bolsas de doutoramento. No relatório estabelece-se como objectivo que a FCT seja capaz de alocar “pelo menos metade” do seu orçamento directamente às instituições.

A “dependência histórica” do sector científico dos concursos individuais de bolsas, organizados de forma centralizada pela FCT, deixaram a agência estatal numa posição em que “tem responsabilidade de escolher vencedores”. Os especialistas defendem que a responsabilidade pelas decisões de financiamento devia estar, idealmente, “mais dispersa por todo o sistema”. Os centros de investigação deviam ter autonomia para seleccionar e financiar candidatos a doutoramento que contribuíssem para os seus perfis e necessidades de investigação, que é o padrão comum nos países da OCDE.

A concretizar-se esta alteração, seria o regresso a um modelo como o dos programas doutorais, que estiveram activos durante o anterior Governo, e que acabaram por iniciativa do actual ministro Manuel Heitor, que não concordava com o mesmo. Curiosamente, esta sugestão surge no mesmo capítulo do relatório em que a OCDE assinala “o alto nível de endogamia nas instituições portuguesas” — a prática de as instituições de ensino contratarem preferencialmente pessoas que elas próprias formam.

Uma das críticas aos programas doutorais era, precisamente, a de que serviam para as instituições entregarem bolsas aos seus diplomados, abrindo-lhes caminho para uma carreira.

A OCDE considera ainda crucial garantir maior autonomia face à comunidade científica, com uma separação mais clara entre os corpos de “avaliação científica” e “tomada de decisão” dentro da FCT, que seja complementada por uma revisão da estrutura do painel científico, para garantir resposta às novas necessidades de conhecimento e a novas comunidades de pesquisa aplicada ou transdisciplinar.