A cerca de duas semanas de proferir uma acusação no caso das mortes no curso de Comandos, a procuradora Cândida Vilar viu ser aberto contra si um inquérito disciplinar, na sequência de uma queixa do advogado de dois dos arguidos.

A notícia foi avançada pela RTP e confirmada pelo PÚBLICO. Na sequência da queixa de Alexandre Lafayette, advogado do director do curso e de outro arguido, a procuradora-geral da República, Joana Marques Vidal, abriu o inquérito disciplinar. Cândida Vilar é acusada de parcialidade devido ao teor despacho que proferiu na altura das detenções dos militares implicados no caso que levou à morte de dois jovens. Nesse despacho, dizia que a natureza dos crimes e a actuação dos suspeitos revelavam "personalidades deformadas, (...) com vista a criar um ambiente de intimidação e de terror, bem como sofrimento físico e psicológico nos ofendidos, sujeitando-os a tratamento não compatível com a natureza humana". Afinal, acrescentava, os arguidos tinham conhecimento de que, com as elevadas temperaturas que se faziam sentir e a privação de água, os instruendos não estavam em condições físicas e psíquicas de prosseguir a instrução. Movidos por “um ódio patológico, irracional contra os instruendos", tinham tratado os instruendos "como pessoas descartáveis".

A defesa apresentou ainda uma queixa-crime em tribunal por prevaricação não só contra Cândida Vilar como contra a sua superior hierárquica, a directora do Departamento de Investigação e Acção Penal de Lisboa Lucília Gago, por causa da sua detenção de sete militares para primeiro interrogatório judicial ordenada pela magistrada titular do processo. Apesar de terem sido libertados depois disso, tanto o director do curso como cinco instrutores e um médico-capitão tiveram de passar uma noite no estabelecimento prisional de Tomar.