À semelhança do que se registou no TIMSS, o estudo que valia o desempenho dos alunos com 10 anos, Portugal tende a ser no PISA, que avalia os jovens de 15 anos, um dos países onde, nas Ciências, há maiores diferenças entre rapazes e raparigas, com os resultados a favorecerem os primeiros.

A média dos rapazes nos testes PISA de Ciências foi de 506 pontos e a das raparigas de 496. Esta diferença de 10 pontos, mais cinco do que em 2006, é bem superior à registada em média na OCDE (quatro pontos).

A Matemática a diferença entre os alunos e as alunas portuguesas é também de 10 pontos contra uma média da OCDE de oito. No conjunto dos participantes no PISA, na maioria os rapazes têm melhores resultados do que as raparigas neste domínio. Em Macau, que está entre as cinco melhores médias, a situação é, contudo, a inversa.

Já na Leitura as raparigas voltam a estar à frente dos rapazes em todos os países analisados. Esta tem sido uma das constantes do PISA. A diferença a favor delas oscila entre os oito pontos registados no Peru e os 72 pontos da Jordânia. Portugal está aqui numa situação que lhe é pouco usual: com 17 pontos de distância, é dos países que apresenta uma menor desigualdade de género neste domínio. A média na OCDE é de 27 pontos de distância. Em 2009 e 2012, quando o domínio central de análise foi a Leitura, a distância das raparigas face aos rapazes foi, respectivamente, de 39 e 38 pontos.