O empresário das sucatas remeteu-se ao silêncio na primeira sessão do julgamento e também recusou prestar quaisquer declarações à entrada do Tribunal, onde chegou cerca das 09h30 acompanhado do filho João. O ex-funcionário da Refer também optou por não prestar declarações perante o colectivo de juízes.

Manuel Godinho está pronunciado por um crime de corrupção activa, enquanto o engenheiro, que entretanto foi despedido com justa causa da Refer, responde por um crime de corrupção passiva, 7 crimes de falsificação de documento agravado e um de fraude fiscal. O inquérito, que resultou de uma certidão extraída do processo Face Oculta, chegou a ser arquivado pelo Ministério Público (MP), na parte que diz respeito ao empresário das sucatas.

A Refer, contudo, requereu a abertura de instrução e o juiz de instrução decidiu levar Manuel Godinho a julgamento. Segundo o despacho de pronúncia, a Refer terá pago, em 2001, 115 mil euros a uma empresa do sucateiro por trabalhos que não foram realizados ou que já tinham sido pagos anteriormente.

Para levar a empresa que gere a rede ferroviária nacional a pagar este montante, Manuel Godinho terá contado com a ajuda de um engenheiro da Refer que, à data dos factos, era responsável pela Via e Geotecnia da Zona Operacional de Conservação Sul. De acordo com a investigação, o ex-funcionário da Refer, que entretanto foi despedido da empresa com justa causa, recebeu 128 mil euros, como contrapartida.

A diferença entre o benefício de Manuel Godinho e o montante pago pelo sucateiro levou o juiz de instrução a concluir que, além dos atos apurados, "muitos mais ocorreram, que não foram concretamente determinados ou que se enquadram no crime de peculato de uso declarado prescrito".

Durante a fase de inquérito, Manuel Godinho não prestou declarações e o outro arguido justificou a entrada de dinheiro nas suas contas bancárias com receitas provenientes de salgados e tapeçarias, que a sua mulher faria, e trabalhos não especificados do próprio. Esta versão, no entanto, não convenceu o juiz de instrução que considerou que a actuação descrita pelo Ministério Público é "perfeitamente enquadrável no modus operandi" imputado a Manuel Godinho, no processo Face Oculta.

O inquérito tinha sido arquivado pelo Ministério Público na parte que diz respeito ao empresário das sucatas, por prescrição do crime de corrupção, mas a Refer requereu a abertura de instrução e o juiz decidiu levar o arguido a julgamento.

Em Setembro de 2014, Manuel Godinho foi condenado no âmbito do processo Face Oculta a 17 anos e meio de prisão, por 49 crimes de associação criminosa, corrupção, tráfico de influência, furto qualificado, burla, falsificação e perturbação de arrematação pública.

A defesa do empresário de Ovar recorreu do acórdão para o Tribunal da Relação do Porto, mas ainda não há qualquer decisão.