O colectivo aceitou todos os pedidos de dispensa, uns por razões profissionais e outros por razão de saúde, ficando os arguidos representados pelos respectivos advogados e obrigados a comparecer quando o Tribunal o considere necessário.

Depois de começar com uma hora de atraso devido a problemas com o sistema de gravação, Ana Peres interrompeu a primeira sessão cerca das 11h30, marcando a próxima sessão para dia 13, tendo explicado que pretende que a partir da próxima semana se façam quatro sessões por semana.

O julgamento é uma repetição e diz respeito a casos que remontam a 2007, tendo no final da primeira sessão dois dos principais arguidos, Rui Verde (antigo vice-reitor da UnI) e Amadeu Lima de Carvalho (accionista da Sociedade Independente para o Desenvolvimento do Ensino Superior - SIDES), criticado o processo, afirmando que têm a vida "adiada" há oito anos.

"É difícil, passados oito anos, acreditar na Justiça. O processo já está inquinado", disse Rui Verde aos jornalistas, acrescentando que entende tratar-se de um "processo que teve um seguimento político" ligado a José Sócrates, antigo primeiro-ministro.

"E (essa ligação) vai renascer. O encerramento da UnI está ligado a essa questão", disse Rui Verde, para quem é difícil acreditar numa Justiça imparcial e independente, não estando em causa os juízes mas sim todo o sistema. "Estamos aqui há oito anos, somos pessoas adiadas, não fomos condenados nem absolvidos", disse.

Lima Carvalho, que deixou de se chamar Amadeu e que é agora Augusto (o segundo nome), como explicou aos jornalistas, disse também não entender a demora deste processo e garantiu que não deve nada a ninguém e não há dinheiros públicos no caso, nem acções judiciais nem cheques sem cobertura.

O responsável disse que a UnI, que tinha donos e que são conhecidos, teve um "período negativo" e que o seu património não foi protegido, querendo ele agora saber o que foi que fez de mal para estar "nove anos a sofrer".
E depois criticou ainda, dois bancos (BCP e Crédito Agrícola Mútuo) que deviam ser arguidos no processo e não são, porque fizeram "desaparecer" mais de dois milhões de euros.

O julgamento está para ser repetido há quase dois anos, depois de ter sido interrompido já em alegações finais devido à morte, no Verão de 2012, da juíza Ana Wiborg, que integrava o colectivo. Em causa estão alegados crimes de burla agravada, abuso de confiança, corrupção, fraude fiscal e branqueamento de capitais, entre outros ilícitos.

Augusto Lima Carvalho disse aos jornalistas que foi ilibado, num julgamento que decorreu paralelamente, de crimes de que foi acusado e assegurou que iria prestar declarações no decorrer do processo, uma garantia também deixada por Rui Verde.

No primeiro julgamento, que ficou sem efeito, o Ministério Público considerou, nas alegações finais, que o ex-reitor Luís Arouca e Rui Verde e Lima Carvalho, além do ex-director financeiro Rui Martins, praticaram actos ruinosos para a UnI, para o Estado e para terceiros.

A crise na UnI começou com suspeitas de irregularidades no funcionamento da instituição, tendo-se verificado em Fevereiro de 2007, sucessivas reviravoltas no controlo da UnI e da empresa que a detinha, a SIDES. A instituição foi encerrada compulsivamente em Outubro de 2007.

O antigo primeiro-ministro José Sócrates esteve para ser ouvido no primeiro julgamento mas Luís Arouca acabou por prescindir da audição da testemunha. A licenciatura em engenharia de Sócrates na UnI e a forma como foi concluída foi alvo de um inquérito do Ministério Público.