Na Indonésia existem três espécies de orangotango, um grande primata que, com os chimpanzés e os gorilas, são os parentes vivos mais próximos dos humanos. Duas dessas espécies, o de Sumatra (Pongo abelii) e o de Tapanuli (Pongo tapanuliensis) não existem em mais lado nenhum do planeta, enquanto a terceira, a de Bornéu (Pongo pygmaeus) vive também na Malásia e possivelmente no Brunei, país que partilha a ilha de Bornéu com a Indonésia. Todas estas espécies correm um risco iminente de extinção, sobretudo por causa da desflorestação, causada pelo avanço de culturas como o óleo de palma.

Perda ou fragmentação de habitat, incêndios florestais, caça e conflitos com seres humanos são os principais factores que conduziram os orangotangos até muito perto da extinção. Isto embora estejam teoricamente protegidos pela Lei de Conservação de 1990 – mas, segundo o site Mongabay, a legislação é pouco aplicada ou de forma muito permissiva, o que faz com que muitos poucos casos cheguem a tribunal. Ou, quando chegam, as sentenças são ligeiras. Além disso, a Indonésia não tem em vigor uma estratégia de conservação para guiar as acções de conservação dos orangotangos.

Um estudo de 2018 calculava que a ilha de Bornéu perdeu cerca de 150 mil orangotangos entre 1999 e 2015, por causa da desflorestação e abate propositado. Uma avaliação das populações deste animal, divulgada em 2016 pelo Governo indonésio, previa que nenhuma das populações selvagens de orangotangos da ilha de Sumatra sobreviveria para além dos próximos 500 anos – a não ser que fosse travada a destruição do seu habitat e a caça ilegal.

A espécie mais ameaçada é a do orangotango de Tapanuli – que só foi identificada em 2017, com menos de 800 indivíduos, fazendo desta a espécie mais rara de grandes primatas. Embora viva numa zona montanhosa que não é muito adequada para a exploração agrícola, a sobrevivência desta espécie está ameaçada por outro perigo: a construção do projecto hidroeléctrico Batang Toru, de 510 megawatts. A população parece confinada a uma área que é 5% daquela que ocupava na década de 1940, dizem cientistas.