Embora sem acusar o ex-chefe da Casa Militar da Presidência da República, o Ministério Público (MP) coloca o tenente-general João Cordeiro muito próximo do esquema da recuperação do material de guerra: considera que “a prova existente” resultante dos mais de dois anos de investigação permite “suspeitar que João Cordeiro pudesse estar a acompanhar, de alguma forma, as diligências paralelas” da Polícia Judiciária Militar (PJM) “à margem do Ministério Público e da PJ e que tivesse conhecimento do acordo que foi efectuado com o autor da subtracção”. ​

O despacho de acusação não menciona o Presidente da República, Marcelo Rebelo de Sousa, a não ser quando é referido o encontro que o chefe de Estado teve no dia 4 de Julho de 2017, seis dias após o furto em Tancos, com altas patentes militares e o coronel Luís Vieira, então director da PJM, nas próprias instalações dos paióis de Tancos. 

Sobre essa conversa tida com Marcelo Rebelo de Sousa, Luís Vieira escreveu num documento guardado “para memória futura" que falou insistentemente ao chefe de Estado do seu desagrado e preocupação pelo facto de a procuradora-geral da República, Joana Marques Vidal, ter atribuído o inquérito à PJ e não à PJM.

“Marcelo respondeu-me que havia uma dramatização, e que tenho de ter paciência”, refere Luís Vieira nesse documento pessoal, acrescentando que como o próprio invocou “competências específicas e exclusivas” da PJM na investigação deste caso, “o Presidente acabou por prometer que iria estudar, depois falar com a PGR, enquanto o ministro da Defesa falaria com a sua congénere [ministra da Justiça]”.

Os magistrados não acusam o tenente-general João Cordeiro de abuso de poder porque, para tal, alegam, apenas dispõem de escutas telefónicas e estas só servem de prova para crimes com penas máximas acima dos três anos, o que não é o caso. Porém, valorizam os contactos próximos mantidos com o director da PJM Luís Vieira, o teor das intercepções telefónicas, as declarações de Vasco Brazão de que o general estava informado do plano e ainda a “postura processual, ao faltar com a verdade no seu depoimento”.

O MP extraiu certidão para o general ser investigado porque entendeu existirem, no depoimento de João Cordeiro, indícios da prática de um crime de falsidade de testemunho. 

Nas respostas às perguntas por escrito dos procuradores, o tenente-general negou, por exemplo, ter recebido e-mails do director Luís Vieira. Disse apenas que este o foi mantendo informado, “sem nunca entrar em detalhes”. Além disso, acrescentou: “Nunca por nunca, no entanto, me foi transmitido, mencionado ou dado a transparecer a existência de diligências no sentido de se vir a efectuar um ‘acordo’ para a devolução do armamento.”