Durante a sessão legislativa de 1993, o então deputado do PSD Pacheco Pereira escreve um artigo no qual fala de um ministro que colocou uma vírgula num decreto-lei para receber luvas de 120 mil contos. Na Assembleia, Almeida Santos protestou: “Ninguém legislou mais do que eu, nem distribuiu mais vírgulas por textos legislativos. Considero-me sob suspeição”, disse. Almeida Santos não precisava de falar para entrar no centro da discussão e das suspeitas. Desde que regressou de Moçambique foi um alvo permanente de acusações. Disseram que vendeu tudo antes de negociar a independência, que transferiu todos os bens para Lisboa, que fez leis de propósito para cumprir uma máxima usada pelos juristas e que, segundo alguns, não se cansava de repetir: “Tudo para os amigos, nada para os inimigos e aos outros aplique-se a lei”.

Ainda nas eleições legislativas de 2015, Almeida Santos foi acusado por Marinho e Pinto de ser “uma das pessoas que mais negócios fizeram em Portugal na sua condição de político e de advogado”. Para lá das suspeitas e das denúncias, porém, Almeida Santos nunca foi indiciado por qualquer eventual delito criminal. Na apresentação do seu livro Os Mal Amados, em 1991, deixou no ar um pedido: “Quero, enquanto deputado, ser julgado em concreto pelo meu trabalho e não em abstracto segundo hábitos de maledicência institucionalizada”.