Não estão sujeitos ao regime de avaliação e certificação os manuais escolares das seguintes componentes do currículo do ensino básico geral ou das componentes de formação dos cursos científico-humanísticos do ensino secundário: Expressões Artísticas e Físico -Motoras do 1.º ciclo do ensino básico; Educação Física, Educação Musical, Educação Tecnológica e Educação Visual do 2.º ciclo; Educação Física, Educação Visual e Oferta de Escola do 3.º ciclo do ensino básico; Educação Física do ensino secundário; Educação Moral e Religiosa do ensino básico e do ensino secundário; Apoio ao Estudo dos 1.º e 2.º ciclos do ensino básico; Oferta Complementar dos 1.º, 2.º e 3.º ciclos do ensino básico; disciplinas de natureza extra-curricular ou específicas de modelo de ensino.

Fica também salvaguardado que, excepcionalmente, «por decisão fundamentada do conselho pedagógico», as escolas que integram um determinado agrupamento podem adoptar diferentes manuais escolares para um mesmo ano e disciplina, atendendo à diversidade das características das comunidades escolares e do respectivo projecto educativo.

Está igualmente consagrado que no processo de adopção de manuais escolares destinados a alunos com necessidades educativas especiais de carácter prolongado "intervêm obrigatoriamente os professores de educação especial", tendo-se em consideração a existência de manuais disponíveis em formato adaptado, adequado aos alunos em causa.

A obrigatoriedade de aquisição dos manuais escolares para Expressões Artísticas e Físico Motoras e Educação Moral e Religiosa cessa em 2015/2016, 2017/2018 e 2019/2020, respectivamente, para os manuais dos 1.º, 2.º e 3.º ciclos do ensino básico e do ensino secundário.

A portaria também estipula que o conselho pedagógico do agrupamento de escolas ou da escola não agrupada pode não proceder à adopção de manuais escolares, devendo, nesse caso, ser comunicados os fundamentos da decisão aos serviços competentes do Ministério.