Em comunicado, a Quercus considera que a invasão da reserva por espécies exóticas e a proliferação de cães vadios pode aumentar se nada for feito. A associação realça ainda que as características desta zona tornam-na atractiva para a caça e pesca ilegais, uma maior pressão urbanística e turística e a conversão das salinas históricas em tanques para aquacultura intensiva.

A Quercus propõe que se incentive o turismo rural, com a contratualização da gestão de estruturas de visitação, na agricultura biológica, na valorização da pesca artesanal e da produção de peixe em regime extensivo, sem alterar a morfologia das antigas salinas e com financiamento da baixa produtividade para produção de peixe de qualidade, bem como na certificação de produtos regionais. 

Esta área tem sido afectada por alterações que perturbam o seu ciclo natural e pela elevada taxa de mortalidade da avifauna, provocada pelo embate em linhas de transporte de energia. É necessário, segundo a associação, uma melhor sinalização destes cabos e, se possível, a sua relocalização.

Com a criação da Reserva Natural, algumas medidas foram implementadas para aumentar os valores de conservação do património natural desta área, como a interdição do exercício da caça e a inserção na Lista de Sítios da Convenção de Ramsar, que inclui todas as zonas húmidas de importância internacional. Foram, também, adoptadas formas para valorizar a economia local, apostando, por exemplo, na certificação do sal marinho e da flor de sal de Castro Marim.

A Reserva Natural do Sapal de Castro Marim e Vila Real de Santo António possui uma fauna diversificada, onde se destacam espécies estuarinas e migradoras, como a dourada e o robalo, e espécies dulciaquícolas. É ainda local de passagem de avifauna, com registos de ocorrência de 169 espécies regulares e 17 espécies que ocorrem de forma ocasional, na sua maioria aves aquáticas com elevado valor de conservação, como o flamingo, o alfaiate, o alcaravão e a andorinha-do-mar-anã. Encontram-se ainda registadas 462 espécies de plantas.