Meses antes, o então deputado havia participado numa comissão de inquérito sobre a liberdade expressão em Portugal em que estava em causa a actividade da mesma Ongoing e onde fez uma muito comentada pergunta: "O que é a Ongoing?”.

Mais tarde, o seu nome apareceu envolvido numa acesa controvérsia relacionada com a influência da maçonaria na política portuguesa e com as actividades dos serviços secretos. Branquinho, que já tinha sido deputado entre 1983 e 1985, sendo depois adjunto de Couto dos Santos no primeiro Governo de Cavaco Silva, foi apontado pela imprensa como membro da loja Mozart 49, da Grande Loja Legal de Portugal.

Nesse mesmo grupo restrito de maçons teriam também assento o actual presidente do grupo parlamentar do PSD, Luís Montenegro, vários dirigentes da Ongoing e Jorge Silva Carvalho, ex-director do Serviço de Informações Estratégicas de Defesa.

No decurso do seu segundo mandato parlamentar, entre 2005 e 2009, Branquinho interveio, sem nunca o ter declarado à Assembleia da República e ao Tribunal Constitucional, como consultor no complexo processo de licenciamento do Hospital de São Martinho, uma unidade de saúde privada de Valongo, distrito do Porto, cujo administrador único era Joaquim Teixeira — o homem que no final de 2007 passou a presidir à NTM. Os pormenores deste processo serão proximamente revelados nas páginas do PÚBLICO.

Depois de cessar as suas funções de deputado em 2010, Agostinho Branquinho seguiu para o Brasil na companhia da sua antiga colaboradora Bianca Barboza — que ainda era administradora da NTM juntamente com Joaquim Teixeira e com a qual então se casou e teve um filho.

Já em 2012 regressou a Portugal, depois de se ter divorciado, e tornou-se administrador da Misericórdia do Porto.

Em Julho deste ano substituiu Marco António Costa nas funções de secretário de Estado da Segurança Social.