A propósito das obras Estrutura ambígua IV  e Estrutura n.º 10, da colecção do Centro de Arte Moderna, a assessora Leonor Nazaré escreveu sobre o artista: "O trabalho de Eduardo Nery centra-se desde o início na pesquisa da luz e da cor, no ilusionismo óptico e no uso sistemático de dégradés, processos identificáveis aos da Op (optical) Art e da arte Cinética."  A sua estadia em França no início dos anos 60, nomeadamente o estágio junto de Jean Lurçat, grande responsável pela renovação da tapeçaria contemporânea, parece ter sido determinante na sua carreira artística. "As experiências em tapeçaria e os primeiros desenhos a preto e branco relacionados com um imaginário encontrado no mundo das publicações científicas tê-lo-ão conduzido a estas opções formais, anteriores no tempo, ao surgimento da OP art internacional, segundo o próprio afirmava", continua Leonor Nazaré.

Nery combinou os conhecimentos daquela arte têxtil com a Op Art, revelando um trabalho inovador, que continuaria a explorar não só na tapeçaria, como também no azulejo, vitral, mosaico e no desenho de grandes pavimentos, como se vê na sua intervenção da calçada portuguesa da Praça do Município em Lisboa.

A obra de Nery parece evocar a ideia expressa por Vasarely no Manifesto Amarelo, publicado em 1955, quando este defende que a democratização da arte passa pela presença das suas formas no espaço da cidade. Do Centro de Saúde de Angra do Heroísmo, nos Açores, à abstracção dos painéis que ladeiam o viaduto da Infante Santo, passando pelo trabalho desenvolvido para a estação de metropolitano do Campo Grande, ambos em Lisboa, a sua obra é uma presença habitual no quotidiano de muitos portugueses.

Uma das primeiras experiências de integração da sua obra na arquitectura e no espaço urbano concretizou-se, entre 1966-1967, com a criação do painel em cerâmica e azulejo para a fachada da fábrica da Sociedade Central de Cervejas, em Vialonga. Numa conferência apresentada por ocasião da cerimónia de entrega do arquivo pessoal de Eduardo Nery à Direcção-Geral do Património Cultura, a investigadora Ana Filipa Candeias comentou que esta composição veio sublinhar todas as potencialidades do azulejo, conferindo vida e movimento a uma parede que de outra forma seria estática e desprovida de qualquer função.

As obras datadas da primeira metade dos anos 1970 são apelidadas "pintura metafísica" pelos críticos de arte. Neste período foi professor da disciplina de Desenho, Cor e Texturas no IADE, durante dois anos, e em 1973 foi um dos fundadores do Ar.Co. Entre 1970 e 1973, expôs na Galeria Buchholz, na Galeria Zen, na Galeria 111, e ainda com Noronha da Costa no Centro Cultural da Fundação Calouste Gulbenkian, em Paris.

No final da década de 70, dá início a uma fase de paisagismo abstracto, em tinta spray, e expõe fotografia na Galeria Quadrum (1979). Em 2002, regressa à fotografia a preto e branco, sob a temática de arte africana (Centro Cultural de Cascais e SNBA). 

A partir dos anos 80, o artista dedica-se sobretudo à intervenção na arquitectura e espaço público, colocada em relevo na sua retrospectiva na Fundação Calouste Gulbenkian, em 1997, em simultâneo com outra na Culturgest, de pintura, desenho, colagem e fotografia. Desta década data um painel para o Museu da Água (Lisboa), que recebeu o Prémio Municipal de Azulejaria. Em 2003, o Museu Nacional do Azulejo, em parceria com o Museu da Água, dedica-lhe uma retrospectiva nos domínios do azulejo, do mosaico, do vitral e da tapeçaria, para ser mostrada no ano seguinte no Museu Nacional Soares dos Reis, no Porto.

Eduardo Nery recebeu, em 2012, a comenda de Grande Oficial da Ordem do Infante D. Henrique, pelas mãos do Presidente da República. 

 Notícia alterada às 18h, corrigindo autoria dos painéis da Avenida Calouste Gulbenkian