Os seis comboios Intercidades diários que ligam Lisboa e ao Algarve vão passar a demorar, em média, menos 25 minutos a partir de 11 de Dezembro. A viagem de Entrecampos a Faro, que agora se faz em três horas e 41 minutos, passará a realizar-se com aqueles comboios em apenas três horas e 16 minutos.

O Alfa Pendular, que demora duas horas e 51 minutos, irá manter o mesmo horário. A redução do tempo de percurso do Intercidades deve-se a uma alteração do trajecto, passando agora os comboios ao largo de Setúbal através da variante do Poceirão e usando, mais à frente, a variante de Alcácer, encurtando assim o número de quilómetros e circulando em troços que permitem velocidades mais elevadas.

O reverso da medalha é que Setúbal fica a ver passar os comboios para o Alentejo e Algarve, quebrando assim uma prática de 122 anos em que aquela cidade sempre teve ligações directas para sul. A CP diz que as ligações ficarão asseguradas através do serviço suburbano entre Setúbal e Pinhal Novo (onde o Intercidades efectua paragem) e justifica a medida por aquela cidade só representar 5% da procura total da Linha do Sul.

Idêntica explicação é dada para o abandono do serviço de passageiros em Alcácer do Sal, cuja estação ficará, não só sem os Intercidades como também sem o serviço regional. A CP justifica que ali só embarca e desembarca 1% dos passageiros naquela linha. De resto, uma das características dos Intercidades para Faro é que 80% da clientela viajam entre Lisboa e o Algarve, sendo uma minoria os que utilizam as paragens intermédias.

Na mesma data, a CP vai extinguir o serviço regional na Linha do Sul. Há poucos anos, estes comboios circulavam entre Barreiro e Faro, depois passaram a sair do Pinhal Novo e agora já só andavam entre Setúbal e Tunes. Tanto encurtamento resultou numa procura, entre Maio e Setembro, de apenas 21 mil passageiros, e em prejuízos operacionais em 2010 de 1,9 milhões de euros.

A CP assegura que a mobilidade nas zonas onde os seus comboios paravam não fica prejudicada porque, segundo um documento oficial, "existe alternativa rodoviária adequada às necessidades da população". A empresa alega que as estações do Alentejo e da serra algarvia onde os Intercidades efectuam paragem são relativamente centrais e bem servidas por autocarros. A transportadora diz ainda que as alterações permitem poupar "mais de dois milhões de euros" por ano, mas não explica como. No entanto, a empresa inclui nas contas gastos internos entre unidades de negócios que inflacionam o prejuízo operacional.