As vicissitudes das investigações ao licenciamento do outlet de Alcochete já fizeram duas vítimas: um ex-inspector da Polícia Judiciária de Setúbal, José Torrão, e um procurador-geral adjunto, José Luís Lopes da Mota.

José Torrão foi condenado pelo Tribunal da Relação de Lisboa a oito meses de prisão, suspensos por 18 meses, e no pagamento de cinco mil euros à associação ambientalista Quercus. O antigo investigador foi punido por violação do segredo de justiça, por alegada divulgação de informações relacionadas com as primeiras buscas da Judiciária. O acórdão absolveu dois jornalistas do extinto semanário Independente, Inês Serra Lopes e Francisco Teixeira, alegando que não conheciam todos os pressupostos do segredo de justiça.

Lopes da Mota, por seu turno, foi punido com 30 dias de suspensão, por decisão do Conselho Superior do Ministério Público. Em causa alegadas pressões que o procurador-geral adjunto terá feito junto dos dois titulares do inquérito, Vítor Magalhães e Paes de Faria. O então presidente do Eurojust terá alertado ambos os magistrados para o facto de haver risco de prescrição do crime de corrupção passiva no caso de ser para a prática de acto lícito, punível com prisão até dois anos ou multa até 240 dias.

O procurador-geral adjunto, que chegou a integrar uma lista reduzida de nomes para suceder a Souto Moura como procurador-geral da República, acabaria por renunciar ao cargo para que tinha sido eleito naquele organismo de cooperação judiciária da União Europeia. Lopes da Mota não se conformou com a punição que lhe foi imposta pelo CSMP e intentou uma acção especial de anulação, que se encontra ainda pendente no Supremo Tribunal Administrativo.

Durante o mandato de Pinto Monteiro, que termina dentro de dois anos, ocorreram as demissões de dois directores da Polícia Judiciária do Porto, Vítor Guimarães e Artur Pereira. O afastamento foi ditado por divergências quanto às investigações da violência na noite do Porto.