De acordo com o programa, enviado pelo porta-voz da Conferência Episcopal Portuguesa, padre Manuel Morujão, Bento XVI sai de Itália às 8h50 de dia 11, do aeroporto internacional Leonardo da Vinci, Roma, prevendo-se a chegada ao aeroporto de Lisboa às 11:00, onde ocorre o acolhimento oficial e Bento XVI faz um discurso.

Às 12h45, em frente ao Mosteiro dos Jerónimos, realiza-se a cerimónia de boas vindas e, logo depois, o Papa efetua uma breve visita ao monumento, seguindo-se a visita de cortesia ao Presidente da República, Cavaco Silva, no Palácio de Belém, às 13:30.

Ao final do dia, às 18h15, o Papa preside a uma missa no Terreiro do Paço, onde vai proferir a homília.

Nesta celebração vai ser lida uma mensagem de Bento XVI comemorativa do 50.º aniversário da inauguração do Santuário de Cristo Rei, de Almada.

No segundo dia de visita a Portugal, 12 de Maio, ainda em Lisboa, o Papa participa numa missa, em privado, na capela da Nunciatura Apostólica, às 07:30.

Pelas 10h00, Bento XVI encontra-se com o mundo da cultura, no Centro Cultural de Belém, onde discursa.

Duas horas mais tarde, tem um encontro com o primeiro-ministro, José Sócrates, na Nunciatura Apostólica, local de onde Bento XVI se despede às 15h45.

O Papa deixa Lisboa às 16h40, seguindo de helicóptero, do aeroporto internacional da Portela para Fátima, onde chega às 17h10 ao heliporto do parque do novo estádio municipal.

Vinte minutos depois, Bento XVI visita a Capelinha das Aparições, onde faz uma oração.

Pelas 18h00, o chefe de Estado do Vaticano participa na celebração das vésperas com sacerdotes, diáconos, religiosos e religiosas, seminaristas e agentes de pastoral na Igreja da Santíssima Trindade, onde vai discursar.

Um novo discurso de Bento XVI está programado para a cerimónia da bênção das velas no Santuário de Fátima, a partir das 21h30.

No dia 13, o Papa preside, a partir das 10h00, à missa que encerra mais uma peregrinação internacional do Santuário de Fátima, onde profere a homília e saúda os peregrinos.

No final das celebrações, às 13h00, Bento XVI almoça com os bispos de Portugal e com o séquito papal na Casa de Nossa Senhora do Carmo, no Santuário de Fátima.

Bento XVI encontra-se depois, às 17h00, na Igreja da Santíssima Trindade, com as organizações da pastoral social, onde discursa, o mesmo sucedendo no encontro com os bispos nacionais às 18h45, na Casa Nossa Senhora do Carmo.

Bento XVI despede-se da Casa Nossa Senhora do Carmo, onde vai ficar alojado, às 8h00 de dia 14, seguindo para o heliporto de Fátima onde o aguarda o helicóptero que, 40 minutos mais tarde, o vai transportar para o Porto.

O Papa chega ao heliporto do Quartel da Serra do Pilar pelas 930 e às 10h15 está na Avenida dos Aliados, onde decorre uma missa na qual vai igualmente proferir a homilia.

A cerimónia de despedida está agendada para as 13h30, no aeroporto internacional Sá Carneiro, onde Bento XVI faz o último discurso em Portugal.

A partida do avião que levará Bento XVI para Roma está prevista para as 14h00, prevendo-se a chegada ao aeroporto de Ciampino, Roma, pelas 18h00.