O túmulo da igreja do Mosteiro de Santa Cruz, em Coimbra, guarda duas pequenas urnas de madeira, uma sobre outra. Segundo a investigadora Eugénia Cunha, que formalizou o pedido de levantamento junto do IPPAR, a segunda urna deve ser da mulher de D. Afonso Henriques, D. Mafalda.

Os restos mortais do fundador da nacionalidade e de D. Mafalda terão sido sepultados no mesmo túmulo à entrada da igreja do Mosteiro, mas o rei D. Manuel considerou o sepulcro medieval demasiado modesto e ordenou que se fizesse outro.

Em 1515, os restos mortais dos monarcas foram transladados para o novo túmulo, que ficaria na nave da igreja. Entre 1522 e 1530, foram de novo transladados, para a capela-mor, onde se encontram actualmente.