Por seu lado, a Refer continua à espera que a CP lhe pague a taxa de uso (portagem ferroviária) pela utilização das suas linhas, que ascende a 212 milhões de euros. A operadora só pagou metade da factura de 1999 e remeteu as de 2000 e 2001 para a esfera judicial por discordar do método de cálculo da taxa de uso. O valor a pagar em 2002 não é conhecido, por não ter sido ainda homologado pelo Instituto Nacional de Transporte Ferroviário (INTF).

O contencioso nas contas entre as duas empresas é ainda aumentado pelas facturas emitidas pela CP que cobra à Refer os atrasos que esta provoca nos seus comboios, sobretudo devido a interdições de via motivadas pelas obras. A Refer, porém, não reconhece estas dívidas porque nunca houve um acordo entre as duas empresas sobre as penalidades nestas matérias e porque em muitas das situações não se consegue apurar responsabilidades. Num descarrilamento a culpa é da via (Refer) ou do comboio (CP)? Uma catenária caída deveu-se a um erro da Refer ou foi arrancada pelo pantógrafo de um comboio da CP?...

Um quadro da Refer disse ao PÚBLICO que a CP "nunca tem dúvidas" e é muito expedita a enviar facturas como se nunca, da parte do operador, houvesse responsabilidades nos incidentes. Para resolver este diferendo, as duas administrações decidiram contratar uma auditora independente que irá fazer um acerto de contas. Com a tomada de posse da nova administração da Refer, presidida por Brancaamp Sobral, as duas empresas acordaram em reunir de 15 em 15 dias para acertar contas e resolver as suas divergências, que são muitas.

O novo gestor da infra-estrutura mostra-se menos preocupado com os conflitos do passado e mais voltado para um "entendimento" com a CP. Não sabe, por exemplo, se vai manter a exigência do seu antecessor, Cardoso dos Reis, em cobrar juros ao operador pelo não pagamento da taxa de uso. E, quanto ao contencioso em tribunal sobre essa matéria, relembra que o litígio não é com a Refer, mas sim entre a CP e o INTF.

De qualquer forma, e por força até de novas directivas da União Europeia, o método de cálculo da taxa de uso deverá ser alterado. Brancamp Sobral não tem dúvidas que os montantes a pagar pela CP deverão ser mais elevados para "poderem reflectir a qualidade do serviço que lhe é prestado", pois as linhas têm vindo a ser modernizadas e o operador passou a ganhar mais com isso.