As novas ligações que avançarão com a segunda fase de construção de rede do metropolitano prevêem uma nova linha entre Matosinhos e o centro do Porto, com passagem pela zona da Foz e Campo Alegre até à estação de São Bento. Outra nova linha, entre a Senhora da Hora e o Hospital de São João, por São Mamede de Infesta, e uma ligação ao centro de Gondomar, pela zona de Valbom, são outras opções acolhidas pelo Governo. Para além destas três novas linhas, o projecto de expansão inclui ainda as já projectadas ligações à Trofa, estendendo a ligação até à Maia actual, e o prolongamento da linha de Gaia até Laborim.

As novas ligações que avançarão com a segunda fase de construção de rede do metropolitano prevêem uma nova linha entre Matosinhos e o centro do Porto, com passagem pela zona da Foz e Campo Alegre até à estação de São Bento. Outra nova linha, entre a Senhora da Hora e o Hospital de São João, por São Mamede de Infesta, e uma ligação ao centro de Gondomar, pela zona de Valbom, são outras opções acolhidas pelo Governo. Para além destas três novas linhas, o projecto de expansão inclui ainda as já projectadas ligações à Trofa, estendendo a ligação até à Maia actual, e o prolongamento da linha de Gaia até Laborim.

Nos últimos dias, Rui Rio vinha-se desmultiplicando em declarações muito críticas para o Governo e a administração da Metro do Porto, que acusava de não cumprir com os compromissos anteriormente assumidos e de manter os autarcas à margem do processo de expansão da rede.

Durante a última reunião da Câmara do Porto, Rio disse mesmo ter informações vindas do interior do Ministério das Obras Públicas, segundo as quais o Governo "jamais faria a linha da Boavista antes das eleições legislativas". O autarca chegou até a classificar o comportamento da administração da Metro como "miserável", por não prestar qualquer informação aos autarcas - que integram a administração da empresa como membros não executivos - e a sugerir que esta atitude estava a ser seguida em articulação com o Governo. A questão da linha da Boavista parece ser o ponto sensível nas relações recentes entre o presidente da JMP e o Governo, até porque foram já executadas obras naquela artéria, antevendo a passagem do metro (ver caixa).

Perante o quadro traçado pelo Governo para a segunda fase da rede do metropolitano, a interrogação que se coloca agora é saber como irá reagir o líder da JMP, que vinha argumentando com a sustentabilidade de um estudo feito pela Faculdade de Engenharia da Universidade do Porto. Durante as negociações com o Governo, Rio sempre se mostrou intransigente em relação ao traçado da Avenida da Boavista, cujos estudos estavam já concluídos. O Governo, no entanto, contrapunha com a necessidade da realização de novas avaliações técnicas onde fossem contempladas alternativas ao traçado da Boavista, numa perspectiva integrada para a segunda fase.

O traçado que o Governo vai avançar como alternativa à Boavista arranca da praia de Matosinhos, passa pela zona do Castelo do Queijo e atravessa a área da Foz por uma zona interior paralela à Avenida do Brasil. Servirá depois a Universidade Católica/Pr. do Imprério, a zona da Pasteleira, seguindo para o pólo universitário do Campo Alegre. O metro circulará depois pelo Palácio de Cristal e Hospital de Santo António antes do terminus na Estação de São Bento.

Embora não estivesse prevista no memorando assinado em 2007 entre a JMP e o Governo, a solução para a segunda fase avança também com uma linha que ligará Senhora da Hora ao Hospital de São João. A ideia é servir as populações do corredor que passa por São Mamede de Infesta, aproveitando parte do já existente canal ferroviário de mercadorias que liga Campanhã ao Porto de Leixões.

Quanto à solução para ligar ao centro de Gondomar, a opção vai pela construção de uma nova linha, em vez do prolongamento do troço entre o Estádio do Dragão e Venda Nova, cujo concurso está já na fase final. A ligação a Gondomar arrancará da zona da Avenida Fernão de Magalhães, passa por Campanhã e Valbom, e entra naquele concelho pela zona sul, como sempre foi reivindicado pelos autarcas e dirigentes do PS.